Un workshop tenutosi al Cnr lo scorso 31 maggio si è concentrato sulle nuove frontiere della ricerca e dell’innovazione tecnologica sul microbiota affinchè possa rappresentare sempre più un elemento indagato e utile nella pratica clinica
Lo scorso 31 maggio a Roma il Centro nazionale delle ricerche (Cnr), ha ospitato una giornata di confronto interamente dedicata al microbiota promossa dal Dipartimento di scienze biomediche del Cnr (CNR-DSB), in collaborazione con Wellmicro (NAMED Group), sponsor non condizionante dell’evento.
L’incontro dal titolo “Microbiota tra mito e realtà – Le nuove frontiere della ricerca e dell’innovazione tecnologica perché il microbiota sia sempre più una utile realtà”, ha visto la partecipazione di numerosi ricercatori ed esperti riuniti a illustrare le novità nel campo della ricerca scientifica e le ultime frontiere dell’innovazione tecnologica relative allo studio del microbiota, e a confrontarsi sull’auspicabile futuro utilizzo di tali conoscenze nella pratica clinica.
La collaborazione dei centri di ricerca sul microbiota
«Lo scopo di questo workshop è far conoscere le diverse realtà operanti nel Cnr sul microbiota, tema di grande attualità, e insieme stimolare le collaborazioni scientifiche e le interazioni tra i ricercatori» ha sostenuto Giovanni Maga, direttore del Dipartimento di Scienze Biomediche del Cnr in apertura dei lavori.
Vincenzo di Marzo, dell’Istituto di Chimica Biomolecolare del Cnr ha rimarcato come il microbiota rappresenti un insieme di bagagli genetici e molecolari che non impatta solo sull’intestino o sulla risposta immunitaria, ma che coinvolge l’asse intestino-cervello con particolare riguardo agli aspetti patologici.
Di Marzo ha illustrato quindi l’attività di ricerca sul microbiota intestinale portata avanti dal 2016 dall’Unità mista Internazionale Cnr con l’Université Laval del Quebec, Canada al fine di promuovere ricerca collaborativa con finanziamenti su studi molecolari e microbiota. Ha quindi parlato di un piccolo studio condotto su 20 individui sani cui è stata somministrata prima la dieta mediterranea, per 48h, quindi la dieta canadese, per i successivi due giorni e di nuovo la mediterranea, per vedere le reazioni del microbiota a questo cambio di regime alimentare. È stato riscontrato che gli acidi a catena ramificata diminuiscono con la dieta mediterranea. Infine, quanto più il microbiota è sano e quindi diversificato, tanto meno reagisce alla dieta.
Microbiota e caratteristiche genetiche dell’ospite
A seguire, Serena Sanna dell’Istituto di Ricerca Genetica e Biomedica del Cnr (IRGB-CNR) ha posto l’accento su quanto sia importante studiare le interazioni tra le caratteristiche genetiche dell’ospite e il suo microbiota sostenendo che: «allo stato attuale le conoscenze sono ancora circoscritte e per descrivere questi rapporti occorre raccogliere dati provenienti da ampie casistiche». Dagli studi è emerso che il microbiota viene influenzato più dall’ambiente che dal patrimonio genetico, il cui impatto rimane più circoscritto. Altre caratteristiche dell’ospite che impattano sul microbiota sono l’età e l’assunzione di farmaci.
Microbiota e innovazione, dalla ricerca alla clinica
Il dibattito su “Microbiota e innovazione, dalla ricerca alla clinica”, è stato moderato da Gianluca Sotis, dell’Unità Prevenzione e Protezione del Cnr (UPP-CNR), che ha dichiarato: «la ricerca in campo medico deve sempre avere l’obiettivo di trasferire i propri risultati all’applicazione clinica, per prevenire le patologie e migliorare le cure. Lo studio del microbiota è in questa importante fase di transizione grazie alle innovazioni tecnologiche».
Andrea Castagnetti, direttore generale di WellMicro, ha rimarcato l’importanza di disporre di banche dati sempre più raffinate e complete ottenibili grazie a tecniche di sequenziamento di nuova generazione per avere database in grado di individuare in modo univoco ogni unità tassonomica ottenuta. Nonostante questa rilevanza, esistono solo pochi database 16S pubblici attualmente disponibili per l’identificazione microbica. WellMicro ha quindi creato un proprio database, unendo tutte le letture 16S di riferimento non ambigue disponibili pubblicamente su più database. Per ottenere un lignaggio tassonomico aggiornato, corretto e concordante per ogni sequenza sono state scartate le letture che non avevano un lignaggio completo o altri tipi di classificazione ambigua. Risolti manualmente i conflitti rimanenti nel database, è stato possibile ottenere un totale di 212.476 letture di riferimento che comprendono 12.843 diverse specie arcaiche e batteriche. I taxa microbici identificati sono stati utilizzati in analisi di machine learning, consentendo di evidenziare con successo i consorzi batterici e i marcatori legati a specifiche patologie a livello di specie.
Per il futuro, Castagnetti ha annunciato l’imminente salto alla metagenomica sia per la proposta di analisi del singolo individuo sia delle migliaia di campioni già presenti nel database di WellMicro: «Abbiamo intenzione di generare uno dei più importanti database di metagenomica a livello internazionale per avventurarci nelle nuove frontiere del microbioma come la “dark matter” e i batteriofagi».
Il microbiota, un importante marcatore per la salute
Infine, Gianluca Ianiro del Centro Malattie Apparato Digerente dell’Università Cattolica del Sacro Cuore ha affrontato il tema del microbiota intestinale dal punto di vista della pratica clinica: «il crescente interesse per il microbiota e la maggiore conoscenza della sua composizione, grazie alle sofisticate tecniche metagenomiche, ci portano sempre più a considerarlo un marker prezioso nella valutazione dello stato di salute dei pazienti. È ora necessario pensare a vere e proprie linee guida per uniformare il metodo di analisi del microbiota, l’interpretazione clinica dei risultati e gli eventuali interventi terapeutici correttivi».
